La sede san José comenzó en 1966. La “escuelita” había iniciado oficialmente sus clases en 1972 con la colaboración del Municipio de Medellín. La Institución Educativa san José Obrero se presenta históricamente como un lugar de transformaciones, y a pesar de su nombre oficial, sigue siendo reconocida en la comunidad como la “Granja Taller”, pues fue ese uno de sus nombres iniciales, después de que su planta física fuera empleada por el gobierno como un lugar de tratamiento para enfermos mentales. Fue así como en 1994 pasó de ser La Granja Taller Para Enfermos Mentales (manejada por la Secretaría de salud), a convertirse en la “Nueva Granja Taller”, como Institución Educativa, ahora sí manejada por la Secretaría de Educación. No obstante, con el paso del tiempo le fue cambiado el nombre por el que lleva actualmente “Institución Educativa San José Obrero” que cuenta con una sede principal en la Vereda La Florida y otra sede anexa en la vereda San José, ambas dentro del Corregimiento de San Antonio de Prado, de Medellín.